畜牧基因組技術(shù)指的應(yīng)用于畜牧產(chǎn)業(yè)的基因技術(shù)，該項技術(shù)應(yīng)用的實現(xiàn)主要分為三步：第一步需要建立一個參考群，記錄一些表型數(shù)據(jù)，例如目標(biāo)體重的動物日齡、生長速度、肉質(zhì)、抗病性等性狀；第二步需要使用芯片對這些參考群的動物進行基因測序，研究其基因型和表型性狀之間的關(guān)系；最后跨越動物生理生長周期，通過芯片測定動物有哪些基因，就可以得到豬的基因型與總值，無需實際等待動物長大。
   畜牧基因組技術(shù)在畜牧領(lǐng)域有著廣闊的應(yīng)用領(lǐng)域和良好的應(yīng)用前景。一是，可以降低畜牧養(yǎng)殖成本，通過畜牧基因組技術(shù)培育優(yōu)良品種，讓動物生得多，死得少，長得快，吃得少；二是可用于冬雨疫病檢測，如疫苗接種、病菌監(jiān)測、疾病診斷等；三是提高畜牧產(chǎn)品的品質(zhì)，培育肉質(zhì)更好、口感更好的家畜；此外，該技術(shù)還有利于改善動物腸道菌群，進而改善生態(tài)環(huán)境。
  當(dāng)前關(guān)于畜牧基因組的研發(fā)機構(gòu)較多，其中中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、浙江大學(xué)、江南大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)等多所高校在該領(lǐng)域的研發(fā)及技術(shù)成果較多。企業(yè)方面，國內(nèi)越來越多的企業(yè)不斷加強該項技術(shù)的研發(fā)，并取得了一系列研發(fā)和應(yīng)用成果。
   北京康普森生物技術(shù)有限公司是該領(lǐng)域起步時間較早的企業(yè)，公司于2011年成立，以基因組檢測為基礎(chǔ)，深耕農(nóng)業(yè)領(lǐng)域。公司已研發(fā)出多種基因組檢測產(chǎn)品，如豬SNP分型芯片 “中芯一號”基因芯片、中國地方雞種SNP分型的中高通量芯片“京芯一號”、中國蛋雞品種的基因分型芯片“鳳芯一號”、“鹽池灘羊基因（SNP）鑒定技術(shù)”等，其下屬康普森農(nóng)業(yè)公司可提供個性化育種方案制定、畜禽基因組選育、選配策略制定、遺傳疾病評估、功能基因檢測等一站式育種服務(wù)。
   石家莊博瑞迪生物技術(shù)有限公司是一家專注于動植物分子檢測和育種相關(guān)技術(shù)開發(fā)與應(yīng)用的創(chuàng)新型企業(yè)，公司聯(lián)合蘭州大學(xué)研發(fā)了國內(nèi)首款基于大規(guī)�；�因組選擇參考群的高性能綿羊基因組育種芯片“蘭大•華羊芯”。
    雖然國內(nèi)畜牧基因組技術(shù)及相關(guān)產(chǎn)業(yè)發(fā)展很快，但行業(yè)發(fā)展仍然面臨一些難題亟待解決。一方面，畜牧基因組技術(shù)尤其是芯片成本的應(yīng)用成本很高，而養(yǎng)殖業(yè)利潤水平較低且市場波動較大，因此下游用戶采用該技術(shù)的積極性不足；另一方面，畜牧基因組技術(shù)需要基于大量表型性狀的數(shù)據(jù)的累積，這需要很長的時間，由于相關(guān)的育種數(shù)據(jù)積累不足，基因組選擇技術(shù)的優(yōu)勢沒有明顯的發(fā)揮出來；此外，畜牧基因組技術(shù)的技術(shù)壁壘較高，不僅對企業(yè)的生物技術(shù)能力要求較高，還對企業(yè)的大數(shù)據(jù)處理能力也有著較高的要求，具備相應(yīng)實力的企業(yè)數(shù)量有限。